食用時，台灣紅藜一般搭配糙米或白米一同烹煮，而歐美食用藜麥，大多是將其煮熟後，搭配蔬果做成沙拉涼拌食用。市面上所販售的紅藜可分為帶殼紅藜及脫殼紅藜，呈現褐色小顆粒的紅藜為脫殼後的產品，反之具有桃紅色鮮豔外觀的則是帶殼紅藜，此兩者具有不同的口感及風味；另外，大部分市售之藜麥也有經過脫殼處理。

紅藜的機能性成分及大部分膳食纖維主要分布於紅藜的「殼」，也就是花的構造，帶殼紅藜保留了完整的養分，但帶殼紅藜本身的味道較重且帶有苦味，接受度不如脫殼紅藜那般高。

脫殼紅藜顆粒如芝麻細小，呈黃褐色，口感軟，口味則有淡淡的穀物香，加入菜餚不易察覺，尤其適合紅藜新手、孩童或長輩食用，但是去除外層那鮮豔的紅藜殼，雖然讓紅藜的口感變更好，卻同時因損失了殼中所含的膳食纖維及機能性成分，而會降低紅藜原本具有的抗氧化力或清除自由基的能力，不過並不會顯著造成蛋白質及其他礦物質成分流失。

總言之，若希望完整攝取紅藜中所含的機能性成分，應選擇帶殼紅藜，但若介意紅藜殼口感及風味，選擇去殼紅藜搭配其他全榖根莖類也仍有助於增加主食中營養素的多元性。

至於過量攝取紅藜之安全考量面，網路流傳攝取帶殼紅藜會因其含有較去殼紅藜更多的天然植物抗菌劑－皂素而可能致死，事實上，過量皂素確實能使體內紅血球破裂，然而經口攝食進入消化道中的皂素大部分無法被吸收，除非以注射方式給予皂素才比較可能造成危險，且也有研究指出皂素具有降膽固醇、抗發炎等功效。

此外，國內有研究指出，在實驗動物過量食用去殼紅藜時，比食用帶殼紅藜更易增加肝指數，這可能是因為帶殼紅藜中的天然物提供保護作用。

但學者也推算出人類每日紅藜攝取量，以未煮前的重量來看，脫殼台灣紅藜為70.5公克，大約1.5杯米杯，帶殼台灣紅藜126公克，大約是 3個米杯是安全劑量。

另外應留意的是，紅藜與藜麥相似，屬於鉀含量較高且蛋白質含量較多的全榖根莖類，如同糙米與五穀米，均不適合腎臟病患者食用，因患者之腎臟代謝鉀及含氮廢物的能力下降，若要食用紅藜或藜麥須注意份量，避免攝取過多鉀和蛋白質而造成腎臟負擔大增。

還值得一提的是，國內學者觀察發現，紅藜的麩質含量沒有米、麥那麼高，因此對於麩質不耐的民眾，不妨嘗試是否能接受以藜麥取代米、麥當作主食的一部分。