市場上販賣雞蛋的方式，分為散蛋和盒裝雞蛋。散蛋是目前國內生鮮雞蛋產銷的最主要方式，政府相關管理法規中，此種雞蛋不需經洗選與分級，蛋農於撿拾蛋雞舍內的雞蛋後就直接裝箱，分送銷售至消費地點，是一般會出現在傳統雜貨店、傳統市場、早餐業、餐飲業、烘培業、團膳業等消費地點的雞蛋。現行食品安全衛生管理法規並未強制散蛋作任何標示，但是為了溯源管理，以查核及追蹤雞蛋藥物殘留等問題蛋，農委會有訂定散裝雞蛋溯源標示制度，蛋箱上會黏貼雞蛋溯源標籤貼紙、二維條碼（QR code）、畜牧場個別溯源碼及保鮮日期，可供消費者透過手機掃描查詢相關資訊及方便農委會進行抽驗。

至於散蛋的來源，多為以傳統格子籠飼養的蛋雞所生。此種飼養法，成本較低，蛋雞飼養在很小的格子籠，環境擁擠，且多採用以玉米、大豆棉子油為基礎且含有合法添加物的飼料。理論上其具有食用安全性，但是也有人認為格子籠飼養的蛋雞，飼養空間不足，且因長期被迫站在鐵絲籠內，容易造成其腳趾過度摩擦鐵絲而受傷，增加雞隻感染疾病的機會，可能造成雞農在飼料中添加抗生素，提高雞蛋殘留藥物的風險，形成食安危機。歐盟基於人道考量已禁止此種養殖法。

除了散蛋之外，消費者若是在便利商店、超市、賣場購買雞蛋，則通常都是包裝雞蛋，包括一般洗選蛋、CAS優良生鮮蛋和產銷履歷蛋品。CAS和產銷履歷蛋品由農委會認證，其標示除了品名及原產地外，還會包括廠商及原料蛋來源畜牧場。有些包裝蛋品標籤上還有其他認證，則主要由民間機構或團體進行，也有一定程度的公信力，例如有機農場經SGS或中央畜產會認證。

目前我國農政單位並未對於「有機」有所規範，這些非官方機構或團體認證有機的主要依據，大致上考量的是，蛋雞是否來自非以籠子飼養而是戶外放養，且需符合人道放養條件。此外，雞隻不能處以抗生素或荷爾蒙，且所吃的飼料中不能含有動物性副產品，所餵食的農作物在生長時也必須不能噴灑化學除蟲劑或化肥，含放射性物質、汙水/汙泥，或為基改農作物，而必須餵食有機飼料。由於是有放養的雞隻，所以理論上有機農場本身的環境需受到嚴格監督及審核。

近年來因為人道養殖或友善養殖觀念逐漸盛行，因此還出現了所謂「動物福利雞蛋」，生產福利雞蛋的雞隻養殖條件受到農委會的輔導，但無強制性的規範或官方核發之認證標章，而是由民間驗證機構驗證。此類養殖的條件範圍很廣，可以籠飼、平飼或放牧，主要標準是考量蛋雞需有足夠的活動空間，以符合雞的天性，包括築巢、磨爪、可誘發雞隻扒地及覓食等自然行為等。若有放牧，除考量室外活動空間充足外，還要有遮蔽設施，避免雞隻受到天氣傷害。

一般認為，人道養殖的環境因為對雞隻友善，自然就少生病、少用藥，自然會減少食安風險。事實上是否如此，仍需要由農政單位輔導監督及衛生單位實際抽驗把關。